透過剪接體針對初始 mRNA（pre-mRNA）進行不同的剪接修飾，稱為選擇性剪接（Alternative splicing）如圖16，用以增加基因的多樣性與變化。科學家發現，在一些特定的情況下，選擇性剪接也會有內含子出現在修飾過的 mRNA 分子上，而內含子內常常會含有終止密碼子，導致轉譯工作提前結束。